Burj Khalifa, mimo swojej nowoczesności i imponującej architektury, nie jest połączony z systemem kanalizacyjnym Dubaju. To oznacza, że ścieki z budynku muszą być zbierane i wywożone ciężarówkami, co jest dosyć nietypowym rozwiązaniem dla tak nowoczesnej konstrukcji. Przyczyny braku połączenia z miejską siecią kanalizacyjną nie są do końca jasne, ale mogą wynikać z problemów związanych z projektowaniem infrastruktury miejskiej w momencie budowy wieżowca.

Według niektórych doniesień było to częściowo wynikiem ograniczeń budżetowych i infrastrukturalnych, które pojawiły się w okresie po kryzysie finansowym w 2008 roku.

Takie rozwiązanie wymaga skomplikowanej koordynacji, aby zapewnić regularny odbiór nieczystości, co może być kosztowne i logistycznie skomplikowane. Burj Khalifa generuje około 15 ton nieczystości dziennie, które są zbierane i transportowane do oczyszczalni ścieków poza miastem. Ciężarówki te mogą czekać w kolejce nawet do 24 godzin, aby rozładować swój ładunek w oczyszczalni​.